灭菌常分为常压蒸汽灭菌和高压蒸汽灭菌两种方式，但不管是常压蒸汽灭菌和高压蒸汽灭菌，都经过高温蒸汽处理且灭菌前后在一定程度上破坏了培养基的营养成分，因此食用菌产业需要一种既能够实现低温灭菌、适用范围广，又能降低培养基营养损耗的灭菌新技术的问世。
三种灭菌方式各有其优缺点和原理，并将其做简单的对比描述：
1、 常压灭菌：
a、适用范围：由于常压灭菌投资少，适合小规模生产者采用，不过在大规模生产中也有人采用常压灭菌，但不多。
b、原理：通过
锅炉产生强穿透力的热活蒸汽的持续释放，使内部培养基保持持续高温（100℃）来达到灭菌目的。
常压蒸气灭菌的理论时间为4小时，实际从点火到100℃需要4-6小时，保持10小时以上，闷锅4小时，灭菌时间一般长达24小时。
c、优缺点：能源浪费大且不环保，灭菌时间长，灭菌效果稳定性差，劳动强度大，费时费力，灭菌前后营养成分变化不大。
2、 高压灭菌：
a、适用范围：高压灭菌是目前大规模生产的企业常采用的方法。由于一次性投资比较大，维修费用比较高，不适于小规模生产企业使用。
b、原理：高压灭菌锅炉产生的饱和蒸汽压力大、温度高，能够在较短时间内杀灭杂菌，是因为高温（121℃）、高压使微生物因蛋白质变性失活而达到彻底灭菌的目的。
高压灭菌的理论时间是30分钟，但是在实际操作中往往需要4小时。
c、优缺点：节省能源，灭菌快速，但高温使培养基营养成分（某些糖类和有机含氮化合物）易被破坏，尤其是蛋白质。
3、 低碳灭菌：促酵剂的应用。
a、适用范围：范围比较广，适合大中小型企业，甚至农户生产者。
b、原理：培养料堆置发酵原理。
c、优缺点：促酵剂具有灭菌温度低，时间短、成本低，工效高的特点，在料温70-80℃、5-7小时条件下对食用菌培养料进行灭菌。
